גן החיות התנ"כי בירושלים חבר מלא במספר ארגונים בינלאומיים כולל ארגון גני החיות העולמי (WAZA), ארגון גני החיות האירופאי (EAZA) ומערכת רישום המינים הבינלאומית species360.

species360 מספקת מערכת ניהול מידע מתוחכמת וכלים שונים המאפשרים לגני חיות להקים ולנהל דו"ח מלא של בעלי החיים באוסף הנוכחי וההיסטורי של גן החיות. המערכת מאפשרת לצוות הטיפול כלים לניהול האוסף, דרכי טיפול, היסטוריה רפואית של מחלות ופציעות ועוד. בנוסף המערכת מאפשרת גישה למיליוני בעלי חיים בגני חיות ברחבי העולם. החזון של species360  הוא ליצור פלטפורמה לשיתוף פעולה וידע בין גני חיות, אקווריומים וארגונים לשמירת טבע מרחבי העולם וזאת כדי להקל על ניהול האוספים המקומיים, האזוריים והבינלאומיים של בעלי החיים השונים.

EAZA  ארגון גני החיות האירופאי מאפשר לחבריו להחליף ביניהם בעלי חיים בסכנת הכחדה על מנת להעשיר את האוסף הזואולוגי לעזור לתוכניות ריבוי של מינים בסכנת הכחדה על ידי כלים שונים לשמירה על אוכלוסייה יציבה ובריאה גנטית. גן החיות התנ"כי משתתף במספר תכניות ריבוי של מינים בסכנת הכחדה על ידי החזקה וריבוי של מינים שונים וצוות גן החיות מעורב ומוביל במספר תכניות ריבוי תחת המטרייה של ה-EEP  (התכנית האירופאית למינים בסכנת הכחדה. נציגי גן החיות פעילים בוועדות הניהול השונות של הארגון.

גופים בינלאומיים כדוגמת EAZA  ו-WAZA פותחת בפני גני החיות אפשרויות שונות לקורסים והשתלמויות. אקדמיית הארגון האירופאי (EAZA Academy) בישראל מאפשרת לצוותי גני החיות בישראל קורסים מקצועיים ברמה בינלאומית.

הצוות הווטרינרי של גן החיות פעיל בארגון האירופאי  לווטרינרים של גני חיות וחיות בר - EAZWV.

גן החיות התנ"כי הצטרף ל- International Assosication of Butterfly Exhibitors and Suppliers- איגוד בינלאומי של תצוגות פרפרים ומגדלי פרפרים תוך שמירה ואחריות על הפרפרים בטבע (IABES).

צילום פינגווין אפריקאי: טל רומנו.