האוסף הזואולוגי שבגן הוא בעל שני דגשים עיקריים:
1. בעלי חיים המוזכרים בתנ''ך. רובם המכריע של בעלי חיים אלה, נכחד מהארץ, בעיקר במאה העשרים, בשל הרס בתי גידול, בניה ופיתוח מואצים של הארץ וצייד. בקבוצה זו נמנים הדובים והאריות, היחמור והראם הלבן, הברדלס והתנין ועוד רבים אחרים שניתן לפגוש אותם ואת סיפורם המרתק ברחבי הגן.

2. באוסף הזואולוגי שלנו, בעלי-חיים רבים הנמצאים בסכנת הכחדה ברחבי העולם. בקבוצה זו נמנים, בין השאר, הטמרין-הרעמתי הזהוב, תוכי הארה, מגלן השני, השימפנזה, הפיל האסיאתי ועוד.

בעלי-החיים השוכנים בגן נמצאים בתצוגות נרחבות המדמות את בית גידולן הטבעי ככל האפשר. כבכל גן-חיות מודרני, משקיע צוות גן-החיות התנ''כי מאמצים רבים כדי להעניק לבעלי-החיים מרחב מחיה גדול ככל האפשר וסביבה מגוונת ורבת גירויים.

חשוב לדעת! בעלי-החיים הנמצאים בגן לא הגיעו אליו מהטבע! ככל גן-חיות מודרני, קשור גן-החיות התנ'כי לארגון גני החיות העולמי, המקיים רשת ממוחשבת המרכזת מידע אודות בעלי-החיים הנמצאים בגני-החיות השונים. ניתן להעביר בעלי-חיים בין גני-חיות בכדי לבנות את האוסף הזואולוגי, אך צייד של בעלי החיים בכדי להציגם בשבי אכזרי ביותר ואסור! יותר מזה, גן-החיות מרכז מספר רב של תוכניות שימור והשבה לטבע של מינים שונים, בעיקר מינים שמקורם בישראל, במטרה לשקם אוכלוסיות של מינים נכחדים. בגן החיות מתבצעות תוכניות מחקר שונות שמטרתן איסוף נתונים ומידע על בעלי-החיים וגיבוי מדעי לתוכניות ריבוי ושימור של בעלי-חיים בסכנת הכחדה. במקביל, גן החיות מדגיש במיוחד פעילויות חינוך והסברה בנושאי שמירת הטבע והסביבה לקבוצות, לקהל הרחב ולקהילה כולה.