אחת ממטרותיו העיקריות של גן החיות היא להגן על בעלי-חיים הנמצאים בסכנת הכחדה הן באמצעות טיפוח גרעיני רבייה בשבי והן, כאשר ניתן, באמצעות השבתם לטבע לצורך חידוש או אישוש אוכלוסיותיהם. כיום שותף גן החיות למספר מיזמי השבה לטבע של מינים הנתונים בסכנת הכחדה. במסגרת חלק מהמיזמים כבר הושבו פרטים לטבע ואילו מיזמים אחרים נמצאים בשלב התכנון.
